C'est l'un des secrets les plus controversés sur la toile et pourtant, le candidat qui le porte est probablement le plus absent des quotidiennes. Il s'agit de Jonathan, représenté dans le générique de l'émission avec une pyramide dont s'échappe un faisceau lumineux, dans une position représentative de la franc-maçonnerie.
Sur le blog Hiram.be, consacré aux Francs-maçons, les réactions sont assassines : "navrant" ; "c'est du n'importe quoi" ; "Pitoyable et indigne. J'ose espérer que son atelier prendra les mesures nécessaires à la moindre révélation qui ira au-delà du simple : 'je suis franc maçon'. Et facilement encore car je ne pense pas qu'il ait été autorisé à délivrer quoique ce soit concernant son atelier, son obédience et les travaux qui s'y tiennent" ; "Nous avions le frère terrible, nous voilà avec le frère crétin". Un membre assure également que "la franc-maçonnerie n'en sortira pas grandie".
Certains francs-maçons appellent l'obédience de Jonathan à l'exclure du mouvement, d'autres s'insurgent d'une banalisation de la franc-maçonnerie, que certains pourraient apparenter à une secte ou au mouvement illuminati, tandis que des derniers demandent à observer le comportement du jeune homme, à vérifier son appartenance à la confrérie et à mieux informer sur les francs-maçons. Jean-Michel Quillardet, ancien grand maître du Grand Orient, affirme dans les colonnes du Parisien/Aujourd'hui en France que Jonathan devra expliquer "sa démarche dans sa loge, devant ses frères".
Ce n'est pas la première fois qu'un franc-maçon participe à Secret Story . En effet, le prêtre anglican de la saison 2, Laurent Lenne, a déclaré au micro de Sud Radio être membre de la confrérie. Mais il n'avait pas souhaité le mentionner à l'époque.