Neo apprend à contrôler ses dons naturels et maîtrise mieux les rouages de la Matrice. Mais cette dernière lance une offensive insoupçonnée avec comme but de l'éliminer, lui et ses complices. Des virus, les Virii, ont été introduit dans le système afin d'infecter Néo et le neutraliser. Ejecté, Neo se retrouve dans le monde réel, sans pouvoirs...
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